Le territoire de la commune se situe dans la partie Ouest de la plaine de la Bière qui constitue la partie Nord-Est de la région naturelle du gatinais délimitée au Nord et à l'Ouest par la rivière Ecole ; à l'Est, par la Seine et au Sud, par la forêt de Fontainebleau.
Traversée par deux départementales (la D11 vers Cély en Bière ou St Martin, et le D50 vers Perthes en Gatinais), Fleury en Bière, qui héberge sur son territoire le premier péage de l'A6 au sud de Paris, est facilement relié aux pôles régionaux voisins : Fontainebleau à 12km, Melun et sa gare RER à 13km, Evry et Paris par l'A6
Le village de Fleury s'organise autour de
Sa mairie,
Son école appartenant au regroupement pédagogique intercommunal,
De sa salle des fêtes, la salle Richelieu,
De son espace de loisirs, l'espace du Grand Rocher,
De son agence postale,
De son cimetière, accueillant un espace funéraire et un espace cinéraire,
De son Eglise romane, Notre-Dame de l'Assomption,
De son château privé, dont le parc est ouvert aux journées du patrimoine,
Cours d'eau :
Fleury en Bière est traversé du sud au nord par le ru du Rebais, affluent droit de la rivière Ecole. Le ru du Rebais, d'une longueur de 9.3km, prend sa source dans les marais d'Arbonne la Forêt, au sud de Fleury en Bière et de déverse dans la rivière Ecole au niveau du hameau du Petit Moulin, dans la commune de Perthes en Gatinais, au nord.
Une rivière souterraine à cavité voûtée à hauteur d'homme traverse le village du château au lavoir du Loricard.
